Pada tahun 1988, sebuah bangunan melalui projek kilat telah didirikan yang mengandungi 4 buah kelas dan sebuah bilik pentadbiran. Bangunan ini telah dirasmikan oleh Encik Digong Abd. Rashid ( Penolong Pengarah Pendidikan Sabah ketika itu). Pada tahun yang sama juga, Syarikat Superwood Swamill Sdn. Bhd. telah mendirikan sebuah bangunan sekolah yang mengandungi 4 buah bilik darjah dan sebuah stor yang masih digunakan hingga ke hari ini. Pada tahun 1989, 2 buah pondok ilmu didirikan oleh PIBG manakala pintu gerbang dan tempat letak kereta telah didirikan pada tahun 1990 oleh staff sekolah.

Pada tahun 1991, sebuah kantin sekolah telah didirikan oleh PIBG dan sebuah bangunan berukuran 20 x 30 didirikan melalui peruntukan kerajaan pada tahun1994.Atas usaha PIBG dan staff sekolah, sebuah tasik telah dibina di kawasan sekolah pada tahun 1996 dilengkapi dengan 2 buah jambatan kayu dan 4 buah pondok rehat. Pada 1997, 5 buah pondok budaya telah didirikan oleh ibubapa dan setiap satunya dinamakan mengikut suku kaum utama di Sabah iaitu Dusun, Murut, Bajau, Rungus dan Tatana.

Sebuah dewan terbuka telah dibina pada tahun 1998 atas usaha orang kampung dan dinamakan sebagai Balai Titian Mesra. Pada tahun 2000, Sk. Bongkud telah dijadikan sekolah angkat oleh  Tan Sri Bernard G. Dompok, Menteri di Jabatan Perdana Menteri. Sebuah makmal komputer telah didirikan pada tahun 2001 dan digunakan sehingga ke hari ini. Pada tahun 2004, sekolah ini telah dianugerahkan Sekolah Harapan Negara peringkat daerah Ranau, KOBTAR dan Sekolah Harapan Negara Peringkat Negeri pada tahun 2005 bagi kategori sekolah rendah.